根據“總體跟進，重點突破”的發展戰略，“十五”期間高技術產業發展的指導方針是：以整體上提高國民經濟的增長質量和素質為目標，立足國情，把高技術提升現有產業放在首位，強化產業競爭九著眼長遠，大力發展新興產業，培育新的經濟增長點，力求在局部實現突破和跨越式發展；加強技術創新和體制創新，培育創新主體，營造良好市場環境。
　　在上述方針指導下，并考慮到我國現有的產業基礎以及“十五”期間經濟、社會發展對高技術產業的需求，確定了4方面的發展目標。
　　總量規模。到2005年，力爭使高技術產業增加值占GDP的比重由目前的4％提高到6％左右；高技術產業產值占工業總產值的比重，由目前的9％提高到16％左右；高技術產品出口額占工業制成品出口額的比重由目前的15％左右提高到25％左右。
　　產業結構。在軟件、通訊設備、電子產品、生物醫藥、生物芯片等一批新興產業領域，要力爭建立起具有國際水平、擁有自主發展能力的產業群體，實現跨越式發展；在機械、紡織、石化、冶金、能源等傳統產業領域，加大用高技術進行改造的力度，提高產業國際競爭力，使我國成為重要的機電產品供應基地之一；形成以網絡信息服務為代表的高技術服務業。
　　產業組織。在“十五”期間形成-批具有較強研究開發能力和競爭力、在國際上有一定影響的大型高技術企業，涌現出一大批具有生機和活力的創新型中小企業群體。
　　布局。在“十五”期間形成若干專業化分工、各具特色、具有一定產業積聚度的高技術產業基地，部分地區的高技術產業實現持續高速發展，自主開發能力顯著增強，達到中等發達國家的高技術產業發展水平。
　　“十五”期間高技術產業發展的主要任務是：努力提高現有高技術產業的國際競爭力，大力發展新興產業，在重點領域實現跨越式發展，形成新的經濟增長點。建設寬帶信息網絡、深亞微米集成電路、數字高清晰度電視、廣播電視直播衛星系統、支線飛機、煤液化制油等12大高技術工程，加速發展軟件產業、數字化電子產品、現代中藥、衛星應用等20個戰略性重點領域，帶動高技術制造業整體水平的提高；大力發展電子商務、遠程教育、遠程醫療，促進財政、稅收、金融、貿易、交通運輸管理等重點領域和一批骨干企業的信息化建設，推動高技術服務業的發展。力爭在“十五”期間，初步形成我國高技術產業的群體優勢和局部強勢。進一步推進傳統產業的高技術化，提高傳統產業的整體素質和國際競爭力。通過以信息技術為代表的高技術的推廣運用。促進農業基礎設施、基礎條件的改善以及動植物品種的改良；優化能源、原材料工業結構，提高資源利用效率，實現可持續發展；推動綜合、高速運輸體系的建立；提高裝備工業的整體設計、制造水平；加快輕紡工業的新產品、新工藝發展；促進服務業的現代化。要加強政策引導，促進科技要素向企業的轉移，推動形成一批具有國際競爭力的骨干高技術企業，初步建成以大企業為龍頭、中小企業為基礎、大中小企業相互依存、協調發展的格局。要加快政府職能轉變，強化市場環境建設，重視發揮市場機制在高技術產業發展中的導向和優勝劣汰作用，凡是市場機制能夠充分發揮作用的領域，政府要逐漸退出。要以產業集群的發展思路加快我國高技術產業發展，在已形成產業特色并具備發展基礎的技術、人才密集區，建設若干高技術產業基地，集中配置資源，在局部區域形成高技術特色產業和產業優勢。
　　“十五”期間，政府對高技術產業發展推動，將主要體現在利用各種政策工具、創造良好市場氛圍上。
　　第一，加強市場環境的建設。一是建立知識產權評估和交易體系。二是發展創新型中小企業服務體系，推動高新技術企業創業服務中心的建設，建立技術服務、咨詢服務、信息服務網絡。三是完善有利于創新的技術標準體系，形成公平、合理、有效的企業技術進步推進機制。
　　第二，對現有政策的調整。一是要逐漸改變以往按區域確定高技術產業稅收優惠范圍的做法，根據不同的產業發展重點，選擇有限的領域或產品，制定與國際慣例相容的階段性優惠政策。二是將所得稅優惠的重點放在激勵研發投入和社會對高技術企業的創業期投入上。三是改變政府計劃的功能，促進其向組織協調和優化配置資源方向轉換。
　　第三，對政策工具的充實。一要完善知識產權保護制度，強化知識產權保護意識，提高知識產權管理水平。二要實施標準戰略，通過研究制訂和推廣使用先進技術標準和國際標準，推動企業技術升級，提升其產品和服務水平。三是發揮政府采購對國內高技術產業發展的拉動作用。
　　第四，在現有支撐體系上的創新。一是大力培育創業投資機制。二是吸引、培養人才并重，激勵創業創新。